La orina se recoge durante la micción o mientras se exprime manualmente la vejiga. La primera fracción de orina es la mejor muestra cuando se sospecha que la lesión se encuentra en la parte distal del tracto urinario, sin embargo es también la muestra con más probabilidad de estar contaminada. La fracción intermedia es la mejor para la mayoría de pruebas. Esta técnica no es el recomendado para realizar un cultivo urinario.

Es de suma importancia la asepsia al realizar esta técnica. La orina en este caso se recolecta en una jeringa estéril de 5ml o 10ml. Es el método de elección para la obtención de orina ya que proporciona muestras no contaminadas dando resultados de cultivos o antibiogramas más exactos.

Método útil para la identificación de obstrucciones parciales o totales en uretra. Usado también para la colección de orina por largos periodos. El inconveniente se genera al transportar organismos presentes en la parte distal de la uretra y del tracto genital a la vejiga provocando una infección a este nivel.